La città di Lucca, che al traffico economico legato alla Via Francigena doveva gran parte della propria ricchezza, era raggiungibile, provenendo dalla piana lucchese, attraverso due strade, denominate rispettivamente "via de supra" e "via de subtus", la prima delle quali attraversava la località anticamente chiamata "Feliciaio", mentre la seconda passava dall'insediamento di origine longobarda denominato Tempagnano.
La prima meta del pellegrino che entrava a Lucca era il celebre crocifisso ligneo chiamato "Volto Santo", statua-reliquiario conservata nella Cattedrale di San Martino che la leggenda vuole scolpita da Nicodemo. Il racconto più conosciuto è di Leobino, che, in pellegrinaggio nell'anno del Signore 1282 nella città del Volto Santo, entrato nel Duomo, iniziò a suonare e a cantare perché altro non aveva da offrire e, improvvisamente, dal piede destro di Gesù si sfilò il grande calzare d'argento e si posò sulle sue ginocchia, per ben due volte. I calzari d'argento (del XVII secolo) sono esposti nel museo insieme al prezioso corredo per vestire, il 3 maggio e il 14 settembre, il crocifisso del Volto Santo. Nella città, numerosi Ospedali annessi alle principali chiese cittadine accoglievano e ristoravano i pellegrini.
Nel Museo Nazionale di Villa Guinigi è invece conservato il rilievo che raffigura San Jacopo (seconda metà del XII secolo), proveniente dallo Spedale di Altopascio, altra meta molto nota ai pellegrini. Da quando nel IX secolo fu rinvenuta in Galizia la tomba di San Jacopo, l'apostolo cui si attribuisce la cristianizzazione della Spagna, le stazioni delle vie di pellegrinaggio furono costellate di immagini del Santo nelle vesti di protettore dei pellegrini, con bastone e conchiglia, o di "matamoros", a cavallo mentre atterra gli infedeli. L'immagine conservata al museo mostra un'iconografia meno consueta: il Santo è seduto in trono inserito in un'archeggiatura, con in mano un rotulo su cui si legge Iacobus Dei et Domini nostri Iesus Xristi servus. Decisamente ispirata alla scultura del IV secolo, l'opera, che assieme al suo pendant raffigurante San Pietro è una delle più interessanti produzioni della scultura pisano-lucchese della seconda metà del XII secolo, era probabilmente parte di un paliotto d'altare, suggestivamente ricostruito nel museo lucchese.
A Lucca si trova anche un interessante punto informazioni: il complesso Via Francigena Entry Point, che offre alla città (e alla Toscana) una serie di servizi pensati per il turismo lento e religioso.
Oltre alle attività proprie del Museum, allestito con percorsi multimediali didattici interattivi, e della Casermetta, presso l’Entry Point vengono organizzati eventi, presentazioni e convegni per promuovere la via Francigena e il territorio. Qui, inoltre, si può richiedere la credenziale del pellegrino, un documento che attesta che la persona che ne è in possesso sta svolgendo un pellegrinaggio verso un qualsiasi luogo di culto. I pellegrini possono ricevere il timbro e usufruire del wifi.