A Siena, uscita da Porta Romana, la Via Francigena si dirige verso sud, lungo una direttrice che coincide in larga parte con la strada statale 2, sulla quale prospettano ancora antichi ospedali: Santa Maria di Bellem, il lebbrosario detto la casa di San Lazzaro, altri due alla Coroncina e sul Colle di Malamerenda.
A Isola d'Arbia la chiesa romanica di Sant'Ilario ricorda nella dedicazione un santo venerato in Francia: la pieve è da sempre meta dei pellegrini. Il tracciato passa accanto anche alla Grancia di Cuna, una fattoria fortificata in cui si conservavano grano e altri alimenti destinati all'ospedale di Santa Maria della Scala di Siena, che ne era il proprietario.