L'histoire de l'église de San Iacopo à Altopascio a changé en 1988, lorsque les vestiges d'un ancien bâtiment de culte datant de la fin du XIe siècle ont été découverts. À partir de ceux-ci - qui comprenaient une partie de la façade et de l'abside - on peut déduire que le temple d'origine était de taille plus réduite que celui construit dans la seconde moitié du XIIe siècle. Le beau clocher crénelé peut être daté précisément de 1280.
Dans la seconde moitié du XVe siècle, d'importants travaux de restauration ont été réalisés, au cours desquels le toit de l'église a été remplacé par une voûte en croisée d'ogives, le portail a été refait, l'ensemble de l'édifice a été replâtré et le sol a été remplacé. L’ouverture d'une porte sur le côté sud, décorée de marbres colorés, date du XVIe siècle. Lorsque, entre le XVIe et le XVIIe siècle, la population d'Altopascio a augmenté, les fonts baptismaux ont été construits.
Entre 1827 et 1830 - après la fermeture de l'hôpital ordonnée par le Grand-duc Pierre-Léopold - l’église a été entièrement reconstruite, son orientation a été modifiée et le bâtiment médiéval a été transformé en transept de la nouvelle structure. L’autel et la chaire ont disparu, le sol a été enlevé et les voûtes ont été détruites. Depuis lors, le bâtiment ressemble à ce que nous voyons aujourd'hui, bien qu'en 1995, lorsque la place devant l'ancienne façade a été réaménagée, le complexe a été considérablement modernisé.