L'église de San Francesco est située dans la partie la plus ancienne de Prato et elle a été construite en 1282, lorsque la ville a fait don de ce terrain aux frères mineurs, qui ont construit un couvent et une petite église, la première à Prato à être bâtie en brique plutôt qu'en pierre. Cependant, la façade reste en bandes bicolores d'albâtre et de serpentine, avec l'ajout à la Renaissance de l'élégant portail et du tympan triangulaire avec le relief des Stigmates de saint François par Andrea della Robbia.
À l'intérieur, composé d’une nef et de fermes en bois, se détache la chaire du XVe siècle en pietra serena , sur laquelle se trouve le panneau de 1400 du Monogramme du Christ. Au-dessus de l'autel se trouve le Crucifix en bois polychrome du XIVe siècle offert par le marchand Francesco Datini, dont la pierre tombale en marbre blanc sur le sol de l'église le représente dans un tabernacle gothique élaboré.
On accède au cloître Renaissance par le bâtiment, et sur le côté est se trouve la Chapelle Migliorati, également connue sous le nom de Chapitre de Saint-François ou de salle du chapitre des frères, principale réalisation picturale de la Renaissance à Prato. Ce chef-d'œuvre a été réalisé par le peintre florentin Niccolò Gerini, adepte de l'école de Giotto, chargé par la puissante famille Migliorati de peindre à fresque l'ensemble de la chapelle vers 1400.
Les quatre segments de la voûte représentent les figures des évangélistes avec des coups de pinceau aux couleurs vives, tandis que la lunette du mur oriental abrite la Crucifixion, s’agissant de la représentation la plus impressionnante, mais aussi de la plus détériorée. Surnommée par ses habitants « la chapelle des Scrovegni de Prato », la chapelle Migliorati est un lieu symbolique de cette ville.
Surnommée par les habitants « la chapelle Scrovegni de Prato », la chapelle Migliorati est un lieu symbolique de la ville de Prato.